# Větev na větvi

> Český terénní zápisník o biologii těla: trpělivé výklady metabolismu, nervů, fyziologie, léků, genů, imunity, vývoje a hormonů s interaktivními simulacemi a ověřenými zdroji.

English summary: A Czech-language field guide to the biology of the human body: patient, source-checked explanations of metabolism, neurons, physiology, drugs, genes, immunity, development and hormones, each chapter with interactive simulations.

Texty jsou česky a oslovují čtenáře tykáním. Kapitoly stavějí na několika hlavních myšlenkách, přirovnáních ze života, interaktivních simulacích, odpovědích na časté otázky a zdrojích s odkazy na učebnice a články (Alberts, Boron a Boulpaep, Lehninger, Rosenbaum a další). Parametry simulací jsou u každé kapitoly popsané jako ilustrační tam, kde nejsou převzaté ze zdrojů.

## Wetware – kapitoly

- [Jsi sloveso](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-ch1-jsi-sloveso.html) (Biochemie): Proč jsi spíš děj než věc: metabolismus jako pomalý řízený oheň, ATP, energie po schodech a zpětné vazby bez ředitele. Se třemi simulacemi. English: Introduction to metabolism: why you are a process rather than a thing; ATP, stepwise release of energy and feedback inhibition without a central controller.
- [První rameno schodiště](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-biochemie-ch2-prvni-rameno-schodiste.html) (Biochemie): Glykolýza krok za krokem podle Lehningera: vklad dvou ATP a výplata čtyř, kolotoč NAD⁺ a kvašení, přítoky z jiných cukrů a tři ventily řízení. Se čtyřmi simulacemi. English: Glycolysis step by step, following Lehninger: the two-ATP investment and four-ATP payoff, phosphoryl transfer potential, free energy in red blood cells, feeder pathways, fermentation and NAD+ recycling, and regulation of hexokinase, PFK-1 and pyruvate kinase.
- [Jak se sůl naučila říkat já](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-neurobiologie-ch1-jak-se-sul-naucila-rikat-ja.html) (Neurobiologie): Jak z iontů soli vznikne myšlenka: klidový potenciál a sodno-draselná pumpa, práh a akční potenciál, synapse a 86 miliard neuronů. S pěti simulacemi. English: Introduction to neurobiology: resting potential and the sodium-potassium pump, threshold and the action potential, myelin, synapses and 86 billion neurons.
- [Dole v mezeře](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-neurobiologie-ch2-dole-v-mezere.html) (Neurobiologie): Chemická synapse podle Nichollse: kanál rozhoduje o vzruchu, vápník spouští uvolnění, přenašeč chodí po kvantech a synapse si pamatuje, co přes ni prošlo. Se čtyřmi simulacemi. English: The chemical synapse, following From Neuron to Brain: the end plate, reversal potential and excitation versus inhibition, calcium-triggered release, quantal release and Poisson statistics, SNARE proteins, short-term plasticity, and LTP and LTD with the NMDA receptor as a coincidence detector.
- [Moře pod kůží](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-fyziologie-ch1-more-pod-kuzi.html) (Fyziologie): Jak tělo drží vnitřní prostředí stálé: negativní zpětná vazba, spády a pumpy, proudění, poskládané povrchy a obnova buněk. S pěti simulacemi. English: Introduction to physiology: homeostasis as a steady state rather than equilibrium, negative feedback, diffusion and pumps, flow, folded surfaces and cell turnover.
- [Lék je vlna](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-farmakologie-ch1-lek-je-vlna.html) (Farmakologie): Proč se lék bere dvakrát denně: koncentrace v čase, poločas a ustálený stav, receptory, potence a účinnost, terapeutické okno. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to pharmacokinetics and pharmacodynamics: the concentration-time curve, half-life and steady state, receptors, potency and efficacy, and the therapeutic window.
- [Podání ruky zblízka](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-farmakologie-ch2-podani-ruky-zblizka.html) (Farmakologie): Receptory podle Rosenbauma: vazba molekulu po molekule, afinita a účinnost, rezervní receptory, křivka účinku, soupeři na receptoru a tolerance. Se čtyřmi simulacemi. English: Drug receptors, following Rosenbaum: mass-action binding and residence time, affinity and efficacy, partial agonists and spare receptors, the Emax model and why effects outlast drugs, competitive and noncompetitive antagonism, and tolerance, desensitization and rebound.
- [Čtení bez čtenáře](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-molekularni-biologie-ch1-cteni-bez-ctenare.html) (Molekulární biologie): Jak se z DNA stane tělo, když v buňce nikdo nečte: opis s korekturou, mRNA a bílkoviny, genetický kód a mutace, přepínače genů. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to molecular biology: DNA replication with proofreading, mRNA and protein turnover, the genetic code and mutations, and gene switches (the eve stripe in fruit flies).
- [Darwin v mízní uzlině](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-imunologie-ch1-darwin-v-mizni-uzline.html) (Imunologie): Jak tělo pozná vetřelce, kterého nikdy nevidělo: receptory pro vzory, V(D)J rekombinace, výběr v brzlíku, zárodečná centra a paměť. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to immunology: pattern recognition, V(D)J recombination, thymic selection, clonal selection and affinity maturation in germinal centres, and immune memory.
- [Tělo, které se postavilo samo](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-vyvojova-biologie-ch1-telo-ktere-se-postavilo-samo.html) (Vývojová biologie): Jak z jediné buňky vyroste tělo bez plánku: morfogeny a prahy, boční inhibice Notch–Delta, segmentační hodiny a řízená buněčná smrt. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to developmental biology: morphogen gradients and thresholds, Delta-Notch lateral inhibition, the segmentation clock and wavefront, and programmed cell death.
- [Dopis pro všechny](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware-endokrinologie-ch1-dopis-pro-vsechny.html) (Endokrinologie): Hormony jako zprávy pro celé tělo: receptory a afinita, zpětná vazba štítné žlázy, poločasy, denní rytmus kortizolu a pulzy GnRH. Se čtyřmi simulacemi. English: Introduction to endocrinology: hormone concentrations and receptor affinity, the thyroid feedback loop, slow and fast hormones and half-lives, the cortisol rhythm and pulsatile GnRH.

## Blog

- [Spád, práh, smyčka](https://vetevnavetvi.cz/pages/blog-spad-prah-smycka.html): Co mají společného metabolismus, nervy, léky, geny, imunita, vývoj i hormony: spád, práh a smyčka. A nikde nikdo, kdo by to řídil. English: Essay: what all eight first chapters share. Gradients kept away from equilibrium, thresholds that turn them into decisions, feedback loops, and no central controller.

## Hry

- [Pulzy](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-pulzy.html) (na motivy kapitoly Dopis pro všechny): Jsi hypotalamus a hypofýza tě poslechne, jen když posíláš GnRH v pulzech. Proč nepřetržitý přísun GnRH tvorbu LH naopak zastaví. English: Rhythm game: as the hypothalamus, release GnRH pulses that keep the pituitary's LH output in a healthy range, then silence it like a physician with a continuous infusion (receptor desensitization).
- [Brzlík](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-brzlik.html) (na motivy kapitoly Darwin v mízní uzlině): Jsi brzlík a rozhoduješ o osudu mladých T-lymfocytů: kdo nepozná vlastní MHC, kdo je nebezpečný a kdo bude regulační. A co se stane, když přestane fungovat AIRE. English: Sorting game: as the thymus, decide the fate of young T cells from self-MHC recognition and self-peptide binding (death by neglect, negative selection, regulatory T cells), then watch what slips through when AIRE fails.
- [Vana bez zátky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-vana-bez-zatky.html) (na motivy kapitoly Lék je vlna): Naplánuj tablety na tři dny tak, aby hladina léku zůstala mezi účinnou a toxickou. Rychlé odbourávání, slabé ledviny, grapefruit a nasycovací dávka. English: Dosing game: schedule three days of tablets to keep the drug level between the minimum effective and maximum tolerated concentration for patients with different half-lives, a grapefruit interaction and a narrow therapeutic window that needs a loading dose.
- [Spiknutí](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-spiknuti.html) (na motivy kapitoly Jak se sůl naučila říkat já): Zapoj pár neuronů s excitačními a inhibičními synapsemi a prahy tak, aby spolu rozhodovaly: kterýkoli, oba naráz, většina, buď, anebo. English: Logic puzzle: wire threshold neurons with excitatory and inhibitory synapses so the circuit computes OR, AND, A-and-not-B, NOR with a tonically active neuron, majority, and XOR, which needs a hidden neuron.
- [Proužek](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-prouzek.html) (na motivy kapitoly Čtení bez čtenáře): Poskládej přepínač genu eve z vazebných míst pro Bicoid, Hunchback, Giant a Krüppel tak, aby se gen zapnul jen v druhém proužku zárodku octomilky. Pak předpovídej pokusy. English: Puzzle: build the even-skipped stripe 2 enhancer from Bicoid, Hunchback, Giant and Krüppel binding sites so the gene is on in a single stripe of the fly embryo, tune binding-site numbers to narrow it, then predict binding-site experiments.
- [Horečka](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-horecka.html) (na motivy kapitoly Moře pod kůží): Jsi smyčka, která hlídá tělesnou teplotu: cévy, pot a třes proti mrazu a vedru, zpožděné zprávy, které rozkmitají regulaci, a horečka jako posunutá žádaná hodnota. English: Control game: act as the thermoregulatory feedback loop with skin blood flow, sweating and shivering, see how delayed information makes the loop overshoot and oscillate, and follow the raised set point of a fever and its break.
- [Hodiny a vlna](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-hodiny-a-vlna.html) (na motivy kapitoly Tělo, které se postavilo samo): Tikej segmentačními hodinami ve chvíli, kdy vlna doběhne k přední hranici, a zárodek dostane páry somitů. Od dánia po myš a nakonec bez viditelných hodin. English: Rhythm game on the clock-and-wavefront model: tap the segmentation clock as each wave reaches the determination front to lay down regular pairs of somites, from zebrafish to mouse, then keep the rhythm without the visible clock.
- [Schodiště](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-schodiste.html) (na motivy kapitoly Jsi sloveso): Glukóza by shořela jedním skokem. Rozděl její pád na schody, ze kterých buňka nabere ATP a NADH, a zjisti, co se stane bez kyslíku. English: Puzzle on metabolism as a staircase, not a cliff: split the free-energy drop of glucose into enzyme steps that pay out ATP or load NADH for the respiratory chain, then see how little is left without oxygen.
- [Slovo po slovu](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-slovo-po-slovu.html) (na motivy kapitoly Čtení bez čtenáře): Měň gen po jednom písmenu DNA a čti bílkovinu jako slovo: tiché změny, záměny, předčasný konec a slovní žebřík, ve kterém musí každá bílkovina cestou fungovat. English: Word puzzle on the genetic code: make point mutations codon by codon and read the protein in one-letter amino acid code; silent, missense and nonsense changes, then Maynard Smith's word ladder in which every intermediate protein must work.
- [Pěstírna protilátek](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-pestirna-protilatek.html) (na motivy kapitoly Darwin v mízní uzlině): Vybírej v zárodečném centru, které B-lymfocyty přežijí, a vypěstuj mutacemi a výběrem protilátku, která pasuje. Přísnější výběr, když antigenu ubývá, a paměť proti pozměněnému viru. English: Breeding game on affinity maturation: pick which germinal-centre B cells survive each round while their daughters hypermutate, sharpen selection as antigen runs out, and re-adapt memory cells to a drifted virus.
- [Štětinky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-stetinky.html) (na motivy kapitoly Tělo, které se postavilo samo): Rozmísti budoucí štětinky octomilky na políčko buněk tak, aby mozaika laterální inhibice přes Delta a Notch byla stabilní: co nejhustší, co nejřidší a s dlouhými výběžky. English: Logic puzzle on lateral inhibition: place fly bristle precursors on a hexagonal sheet so the Delta–Notch pattern is stable (no two neighbouring winners, no uninhibited cell), densest, sparsest, and with long-range inhibition.
- [Kohoutky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-kohoutky.html) (na motivy kapitoly Moře pod kůží): Srdce víc neutáhne: rozveď krev mezi mozek, svaly, trávicí trubici, ledviny a kůži jen šířkou malých tepen. Ruměnec, běh a běh v horku. English: Puzzle on blood flow distribution: set arteriole radii of five parallel organ beds behind a heart with limited output, where flow scales with radius to the fourth power; blushing, running, and running in the heat.
- [Zdířka](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-zdirka.html) (na motivy kapitoly Lék je vlna): Léky se přetahují o receptory: drž účinek v pásmu s plným agonistou, stokrát potentnějším lékem, částečným agonistou se stropem a antagonistou, který odezní dřív než lék. English: Pharmacodynamics game: drugs compete for receptors; keep the effect in range with a full agonist, a hundredfold more potent one, a partial agonist with a ceiling, and a short-acting antagonist against an overdose.
- [Plný sklad](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-plny-sklad.html) (na motivy kapitoly Jsi sloveso): Rozhodni, který enzym má plný sklad brzdit: první krok dráhy, větve s vlastními brzdami a dvě silnice, po kterých jezdí rozklad a stavba. Metabolismus, který se řídí sám. English: Game on feedback inhibition: choose which enzyme a full store should brake in a linear pathway, a branched pathway with sequential feedback, and opposing breakdown and synthesis routes controlled by AMP.
- [Přeskoky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-preskoky.html) (na motivy kapitoly Jak se sůl naučila říkat já): Rozmísti Ranvierovy zářezy na myelinizovaný axon tak, aby vzruch doskočil na konec a co nejrychleji. Proč nejdelší skoky nejsou nejrychlejší a co s vedením udělá roztroušená skleróza. English: Puzzle on saltatory conduction: place nodes of Ranvier on a myelinated axon so the impulse reaches the end, discover the flat optimum of internode length, and restore conduction through a demyelinated lesion.
- [Smyčka](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-smycka.html) (na motivy kapitoly Dopis pro všechny): Z výsledků krve zjisti, kde se pokazila smyčka hypofýzy a štítné žlázy: nedostatek jódu, Gravesova choroba, selhávající hypofýza, nebo tablety navíc. Pak dávkuj T4 a léč. English: Thyroid detective game: read free T4, TSH and gland size to tell iodine deficiency, Graves disease, pituitary failure and excess tablets apart, then titrate levothyroxine and treat.
- [Bez dechu](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-bez-dechu.html) (na motivy kapitoly První rameno schodiště): Rozhoduj, kam poputuje pyruvát, aby glykolýze nedošlo NAD⁺: červená krvinka bez mitochondrií, sprint, kvasnice a Pasteurův efekt a nádor, který kvasí i s kyslíkem. English: Real-time control game on why fermentation exists: route pyruvate between oxygen-limited mitochondria and lactate or ethanol to keep the small NAD⁺ pool turning over in a red blood cell, a sprinting muscle, yeast with intermittent air (Pasteur effect) and a tumour cell that ferments even with oxygen, where a hexokinase-inhibitor dose must spare red cells.
- [Přítoky](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-pritoky.html) (na motivy kapitoly První rameno schodiště): Přiveď do glykolýzy cukry z mléka, chleba i z glykogenu s co nejlepší bilancí ATP: galaktóza, fruktóza ve svalu a v játrech, fosforolýza a dvě galaktosemie. English: Puzzle on the feeder pathways of glycolysis: build enzyme routes for lactose, starch, glycogen and sucrose into glycolysis in muscle and liver while keeping the ATP balance (phosphorolysis saves one ATP), and tell two galactosemias apart from what accumulates.
- [Sabotáž](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-sabotaz.html) (na motivy kapitoly První rameno schodiště): Z hromadících se meziproduktů zjisti, kde jed zastavil glykolýzu v kvasničném výtažku: jodacetát, fluorid, arseničnan, nebo falešná glukóza. English: Lab detective game based on the classic inhibitor technique: measure which glycolytic intermediates pile up in a poisoned yeast extract and accuse the blocked enzyme: iodoacetate (glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase), fluoride (enolase), arsenate (glycolysis runs without net ATP) and 2-deoxyglucose (stuck after hexokinase), then an unknown sample on a tight budget.
- [Pavlovův zvonek](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-pavlovuv-zvonek.html) (na motivy kapitoly Dole v mezeře): Nauč neuron vypálit na zvonek tím, že ho spojíš s jídlem. Pak odnauč světlo pomalým drážděním a zjisti, co se stane bez hořčíku a s blokátorem receptoru NMDA. English: Sequencer puzzle on associative LTP: pair a weak input with a strong one until the neuron fires to the bell alone, keep an unpaired input weak (input specificity), weaken a learned input with low-frequency stimulation (LTD), break the coincidence rule by removing Mg²⁺, and use the cooperativity of weak inputs.
- [Filtr](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-filtr.html) (na motivy kapitoly Dole v mezeře): Nastav synapsi vápník, zásobu váčků a doplňování tak, aby propustila každý vzruch, jen začátek série, nebo jen shluky. A proč je jeden jistý váček lepší než devět nejistých. English: Tuning puzzle on short-term synaptic plasticity: set calcium (release probability rising with its fourth power), ready vesicles, refill time and residual calcium so a synapse passes every spike of a train, only burst onsets or only bursts, then pick release sites and probability for reliable transmission at a fixed mean quantal content.
- [Kostky v mezeře](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-kostky-v-mezere.html) (na motivy kapitoly Dole v mezeře): Odhadni z nahrávek ploténky průměrný počet kvant jako del Castillo a Katz: ze selhání i z průměrné odpovědi, v šumu i u synapse, kde Poissonovo rozdělení neplatí. English: Statistics game on quantal analysis: record end-plate potentials against a time budget, estimate the mean quantal content from failures and from mean amplitude, see which estimator survives rare failures and noise, detect a binomial synapse where Poisson fails, and estimate the number of release sites.
- [Kafe](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-kafe.html) (na motivy kapitoly Podání ruky zblízka): Naplánuj kafe na zkoušku, na odpoledne i na celý týden. Kofein soutěží s adenosinem o receptory, tolerance roste a odvykání může bolet hlavu. English: Week-planner game on caffeine as a competitive antagonist of adenosine: place coffees to stay alert for an exam, an afternoon workshop and a week of meetings while still falling asleep, watch tolerance build as receptor numbers rise, and taper off without withdrawal headaches.
- [Neznámá látka](https://vetevnavetvi.cz/pages/hra-neznama-latka.html) (na motivy kapitoly Podání ruky zblízka): Z křivek účinku na proužku tkáně zjisti, co je v lahvičce: plný, nebo částečný agonista, kompetitivní, nebo nevratný antagonista, či inverzní agonista. English: Organ-bath detective game: run concentration–response experiments on an isolated tissue to classify unlabelled drugs as full or partial agonists, competitive or irreversible antagonists, or inverse agonists, estimate pA2 from a Schild plot, and use receptor knock-out to reveal receptor reserve.

## O autorce

- [O mně](https://vetevnavetvi.cz/pages/o-mne.html): Pája vystudovala obor Molekulární biologie a biochemie organismů a pracuje jako datová analytička (Brno). Kapitoly píše s pomocí AI (Claude od Anthropicu); fakta a čísla se ověřují proti citovaným učebnicím.

## Rozcestníky

- [Rozcestník](https://vetevnavetvi.cz/): hlavní strana webu
- [Wetware](https://vetevnavetvi.cz/pages/wetware.html): přehled všech větví a kapitol
- [Blog](https://vetevnavetvi.cz/pages/blog.html): kratší texty mezi kapitolami
- [Hry](https://vetevnavetvi.cz/pages/hry.html): minihry na motivy kapitol
- [Zpětná vazba](https://vetevnavetvi.cz/pages/zpetna-vazba.html): formulář pro opravy a nápady a seznam oprav

## Optional

- [Plné texty](https://vetevnavetvi.cz/llms-full.txt): všechny kapitoly, články a popisy her jako prostý text v Markdownu
- [Novinky](https://vetevnavetvi.cz/feed.xml): kanál Atom s kapitolami, hrami a články a daty jejich vydání a úprav